CS-Cartは、メインの機能を提供するコアシステムと機能をつかさどるAdd-on（アドオン）が分かれており、セキュリティ対応や機能追加のためのアップデートが管理画面で行えます。
また、バックアップやリストア機能など、ECサイトのシステムを安心して運用するための様々な機能が標準で用意されています。
セキュリティアップデート
CS-Cartは、毎年平均4回の大型アップデートが行われ、それ以外にもマイナーアップデートが適宜行われます。
アップデートにおいては、公式アドオンによる機能追加や機能修正が行われますので、アップデートを行う事で常に最新の機能を利用を利用する事ができます。
アップデートの作業は、管理画面に表示される手順で行うだけで、誰でも簡単にアップデートが行えます。
バックアップとリストア（復元）
CS-Cartは、管理画面の「一般設定 > バックアップ/リストア」で、ファイルやデータベースのバックアップを作成できます。
また、特定のテーブルのみをバックアップしたり、テーブルのスキーマ（構造）やデータをバックアップする、といったことも可能です。
バックアップしたファイルは、ローカルにもダウンロードができます。
リストア（復元）する場合には、管理画面のバックアップを使ったり、ローカルからファイルをアップロードして行う事も可能です。
Add-on（アドオン）とカスタマイズ
CS-Cartでは、WordPressのようにCS-Cartのコアシステムと個々の機能をモジュール化したAdd-on（アドオン）に分かれています。
そのため、機能拡張を行う場合にも、アップデートに影響するコアシステムに変更を加えることなく、機能追加が可能となっています。
また、ポイント管理機能やEメールマーケティング、ほしい物リスト、ギフト券といった多機能な公式Add-on（アドオン）が標準でインストールされていますので、必要なAdd-on（アドオン）をインストールするだけで、基本的なECサイト運営に必要な機能は対応できます。
さらに、CS-Cart Maketplaceでは、サードパーティ製のTheme（テーマ）やAdd-on（アドオン）が数多く提供されていますし、自分でAdd-on（アドオン）を開発してカスタマイズをすることもできます。