CS-Cartは、メインの機能を提供するコアシステムと機能をつかさどるAdd-on（アドオン）が分かれており、セキュリティ対応や機能追加のためのアップデートが管理画面で行えます。
また、バックアップやリストア機能など、ECサイトのシステムを安心して運用するための様々な機能が標準で用意されています。
セキュリティアップデート
CS-Cartは、毎年平均4回の大型アップデートが行われ、それ以外にもマイナーアップデートが適宜行われます。
アップデートにおいては、公式アドオンによる機能追加や機能修正が行われますので、アップデートを行う事で常に最新の機能を利用を利用する事ができます。
アップデートの作業は、管理画面に表示される手順で行うだけで、誰でも簡単にアップデートが行えます。
バックアップとリストア（復元）
CS-Cartは、管理画面の「一般設定 > バックアップ/リストア」で、ファイルやデータベースのバックアップを作成できます。
また、特定のテーブルのみをバックアップしたり、テーブルのスキーマ（構造）やデータをバックアップする、といったことも可能です。
バックアップしたファイルは、ローカルにもダウンロードができます。
リストア（復元）する場合には、管理画面のバックアップを使ったり、ローカルからファイルをアップロードして行う事も可能です。
